การจัดฟันแต่เพียงอย่างเดียวอาจไม่สามารถแก้ไขปัญหาการเรียงตัวของฟันได้ครบถ้วน เมื่อขากรรไกรมีขนาดหรือตำแหน่งที่ผิดปกติมาก ทำให้สบฟันไม่เข้าที่หรือมีใบหน้าเบี้ยวไม่เท่ากัน วิธีการหนึ่งในการจัดการคือการจัดฟันร่วมกับการผ่าตัดขากรรไกร ซึ่งเป็นการรักษาร่วมกันโดยทันตแพทย์สาขาศัลยศาสตร์ช่องปากและแม็กซิลโลเฟเชียล และทันตแพทย์จัดฟัน โดยมีการวางแผนก่อนเริ่มการรักษา

โดยทั่วไป การจัดฟันร่วมกับการผ่าตัดขากรรไกรมี 3 ขั้นตอน ได้แก่

1. การจัดฟันก่อนการผ่าตัด ซึ่งอาจใช้เวลา 1-2 ปี เป็นการจัดฟันเบื้องต้น เพื่อกำจัดความผิดปกติซ้อนเก หรือปรับแนวแกนการเรียงตัวของฟันก่อนการผ่าตัด 

2. ขั้นตอนการผ่าตัดขากรรไกร โดยเป็นการทำในห้องปฏิบัติการในโรงพยาบาล เป็นการย้ายส่วนของขากรรไกรล่าง ให้เข้ากับสภาพการสบฟัน

3. การจัดฟันภายหลังการผ่าตัด โดยเป็นการจัดฟันเพื่อให้การเรียงตัวของฟันมีความสมบูรณ์มากขึ้น ให้เข้ากับตำแหน่งขากรรไกรที่ได้รับการเปลี่ยนแปลงจากการผ่าตัด โดยใช้เวลาประมาณ 6 เดือน

ทางเลือกอื่นในกรณีไม่จัดฟันร่วมกับการผ่าตัด

ปัจจุบันมีเทคนิกการจัดฟันหลากหลายวิธี ในกรณีที่มีความผิดปกติของขากรรไกรที่ไม่รุนแรงมาก อาจสามารถทำการจัดฟันตามปกติได้ หากแต่ต้องยอมรับว่า ผลการรักษาอาจจะไม่ได้เป็นแบบในอุดมคติในกรณีที่มีความผิดปกติของขากรรไกรและใบหน้าที่รุนแรง การจัดฟันร่วมกับการผ่าตัด อาจจะเป็นวิธีเดียว ที่จะแก้ไขความผิดปกติได้